I Vespri d'Organo si tengono ogni seconda domenica del mese da ottobre a giugno alle ore 16.30, con una durata di circa 45 minuti.
Partiti in sordina nel 1993, costituiscono ormai una serie di appuntamenti di primo piano nel variegato panorama musicale milanese; nel corso di una decina d'anni, infatti, il pubblico ha apprezzato sempre più questa rassegna, che offre a cadenza fissa appuntamenti organistici di ottimo livello, con ingresso libero grazie alla consolidata collaborazione del Comune di Milano.

Dalla primavera del 2001 la possibilità di utilizzare l'organo in cornu Epistolae ha permesso di ampliare notevolmente il repertorio proposto, spaziando dalle composizioni rinascimentali italiane più adatte allo strumento in cornu Evangelii ai monumenti musicali tedeschi che il nuovo organo consente di eseguire al meglio.

I Vespri d'Organo si rivolgono ad un pubblico differenziato e composito, che varia dai turisti attirati dai tesori artistici della Basilica a chi cerca un'introduzione spirituale alla funzione eucaristica che segue, passando per gli appassionati di musica classica in genere e per i cultori del repertorio organistico, senza trascurare coloro - e non sono pochi - che, alle prime esperienze di ascolto, si avvicinano alla musica con appuntamenti brevi e in un ambiente meno paludato rispetto alle sale da concerto.